Situata al limite del Tavoliere e nel Sub Appennino Dauno nella provincia di Foggia, Ordona venne fondata nel IX secolo non distante dall'antico centro di Herdonia, esistente a partire dal al VII secolo a.C..

L'antico centro, fondato dai Dauni, conobbe subito un notevole sviluppo tanto che visse a quell'epoca il suo massimo splendore. A partire dal IV secolo a.C. iniziò il declino economico. La costruzione di mura difensive in questo periodo fa pensare ad un periodo di lotte con gli altri centri della regione, probabilmente inserite nell'ambito degli scontri con le città greche egemoni sul territorio tra le quali la vicina Taranto.

Passata ai Romani come tutta la Puglia dopo le guerre con la lega greco-messapico comandata dal re dell'Epiro Pirro (280-275 a.C.), Herdonia si rese protagonista durante la Seconda Guerra Punica (219-202 a.C.) ed in particolare durante gli avvenimenti legati alla sua battaglia più famosa svoltasi a Canne il 2 agosto 216 a.C..
Secondo lo storico romano Livio, dopo la battaglia di Canne la città passò ad Annibale per poi tornare subito in mano ai Romani (214 a.C.); presa nuovamente dal generale cartaginese Annibale venne rasa al suolo e tutti i suoi cittadini furono trasferiti a Metaponto e Turi.

Da questo momento la città non si riprese più fino al suo inserimento lungo la via Traiana, variante costiera della via Appia, a partire dall'inizio del II secolo d.C..

L'attuale centro abitato sorse nel IX secolo ma stentò non poco a svilupparsi a causa delle cattive condizioni del territorio. Nel Medioevo infatti il Tavoliere delle Puglie perse la sua vocazione agricola per diventare meta principale della transumanza delle pecore in arrivo da tutto il centro Italia.

Divenne centro gestito dai Gesuiti i quali cercarono nel '600 di dare slancio all'economia di Ordona bonificando parte del territorio e favorendo l'inserimento di famiglie.

Nel 1774 Ordona fu inserita nell'elenco delle proprietà della casa reale dei Borboni e vennero avviate importanti opere di bonifica del terreno che proseguirono per tutto l'Ottocento.

I resti di Erdonia romana presentano la zona del foro, della basilica augustea, un tratto dell'antica via Traiana sulla quale sorgono i resti di botteghe ed il mercato (macellum), i resti di un tempio d'età imperiale, l'anfiteatro, le terme con pavimenti a mosaico.
Al di sotto di questo livello nell'area della basilica sono state rinvenute tombe e case della città dauna.
La diffusione del cristianesimo è testimoniata dai resti di una basilica paleocristiana del VI secolo d.C..

Attualmente gli scavi non hanno ancora toccato tutti i livelli ed il sito di Erdonia potrebbe riservare ancora molte sorprese agli archeologi ed ai viaggiatori più esigenti.