La città di Messina si sviluppa ad anfiteatro ai piedi dei Monti Peloritani, all'interno e a sud di una rada ben protetta da una penisola alluvionale a forma di falce (penisola di San Ranieri, terminante nella punta San Leonardo), costituita dai detriti trasportati dalle numerose fiumare costiere e accumulati dalle onde marine, e si è poi allungata e ampliata verso sud.

Fondata con il nome di Zancle (in greco Zánklpiattoe, falce, per la forma della penisola che ne chiudeva il porto) da Calcidesi di Cuma, di Nasso e dell'Eubea (725 a.C. circa), si sviluppò rapidamente, fondando a sua volta le colonie di Mylái (Milazzo), tra la fine dell'VIII secolo a.C. e l'inizio del VII, e di Imera, nel 648 circa. Intorno al 493 i profughi sami e milesi, rifugiatisi a Zancle si impadronirono della città con l'appoggio di Anassila di Reggio. Poco dopo Zancle cadde in potere dello stesso Anassila, che al posto dei Sami e dei Milesi vi insediò numerosi esuli messeni. La città assunse allora il nome di Messána o Messpiatacuenpiattoe e acquistò carattere prevalentemente dorico. Nonostante le lotte intestine essa raggiunse un alto grado di prosperità finché non fu distrutta dai Cartaginesi nel 396. Ricostruita quasi subito da Dionigi il Vecchio di Siracusa, fu soggetta successivamente a Dione, a Ippone, a Timoleonte e, infine, ad Agatocle, dopo la cui morte cadde in mano dei Mamertini (288 circa). Sconfitti da Gerone II di Siracusa intorno al 265, essi chiesero aiuto dapprima ai Cartaginesi e, quindi, ai Romani, che liberarono la città dal successivo assedio postole da Gerone II e dai Cartaginesi. Tale conflitto fu all'origine della prima guerra punica (264-241), al termine della quale Messana fu proclamata città libera e federata. Dopo lo splendore dell'età romana, continuò ad avere grande importanza sotto i Bizantini. Fu presa poi dai Saraceni (843) che la tennero per oltre due secoli, fino alla venuta dei Normanni (1061). Da quel momento iniziò per Messina un periodo di prosperità come emporio commerciale. Quando la Sicilia passò sotto il dominio degli Svevi verso la fine del XII sec., Messina insorse più volte pur di mantenere il suo libero sviluppo. Dopo aver avuto una parte notevole nei Vespri siciliani, la città fu assediata dal re di Sicilia Carlo I d'Angiò (luglio-settembre 1282) che però non riuscì a conquistarla per il sopraggiungere della flotta aragonese. Nel XIV sec. fu elevata a capitale dagli Aragonesi. Ma le ampie libertà municipali di cui Messina godeva non erano molto gradite agli Spagnoli che tentarono di sopprimerle. Questo provocò una ribellione contro di essi (1674); i Messinesi, aiutati dal re Luigi XIV che inviò una flotta sotto il comando dell'ammiraglio Duquesne, resistettero per quattro anni e capitolarono solo nel 1678. In seguito Messina per molti anni perse ogni importanza, poi lentamente rifiorì, ma fu colpita da varie calamità: nel 1743 la peste e nel 1783 un terremoto la danneggiò. Messina fu duramente oppressa dal governo dei Borboni che ne fecero un centro militare; partecipò poi ai moti insurrezionali del 1820-1821 e del 1847-1848; nel settembre 1848 la città fu occupata dalle truppe borboniche al comando di C. Filangieri dopo un pesante bombardamento che era stato ordinato da re Ferdinando II. Solo nel luglio 1860 fu liberata dalle forze garibaldine guidate dal generale Giacomo Medici.
Dopo essere stata gravemente danneggiata da un altro terremoto nel 1894, fu completamente distrutta da quello più terribile del 28 dicembre 1908. Ricostruita, subì gravi danni nel corso della seconda guerra mondiale in seguito a pesanti bombardamenti aerei e terrestri. Fu occupata dalle truppe alleate il 17 agosto 1943.