Ancóna fu sede di un abitato protovillanoviano, fu poi centro dei Piceni a partire dalla prima età del ferro. I greci la frequentarono già prima del IV sec. a.C., quando divenne colonia di Siracusa. Conquistata nel 268 a.C. dai Romani, andò acquistando importanza sempre crescente, finché l’imperatore Traiano vi costruì, a est di quello greco, un nuovo porto con un molo artificiale Iungo circa 300 m. Decaduta nel periodo tardo- imperiale, divenne una delle principali città dell'esarcato di Ravenna, dopo la vittoria dei Bizantini nella guerra contro i Goti (535-552). Passata con le altre città della Pentapoli a far parte dei possedimenti pontifici (774), mantenne una notevole autonomia, contendendo ai Saraceni, ai Normanni e a Venezia il commercio con i porti dell’Adriatico. Compresa poi nella marca che dalla città ebbe nome, dal 1177 godette delle libertà comunali (solo per brevi periodi fu soggetta ai Malatesta e a Francesco Sforza), finché nel 1532 passò sotto il governo diretto della Chiesa. Vide rinnovato e ampliato il proprio porto a opera del papa Clemente XII (1734), che lo affidò a un'apposita congregazione. Conquistata dalle truppe francesi e trasformata in repubblica nel 1797, annessa al Regno Italico nel 1808, tornò a far parte dello Stato Pontificio nel 1815. Caduta in mano ai patrioti dal febbraio al marzo 1831, subì l'occupazione di truppe francesi fino al 1838. Venne occupata dal generale Cialdini il 29 settembre 1860 e poi annessa all'Italia.

Durante la seconda guerra mondiale, alla fine del 1943, subì bombardamenti aerei che la danneggiarono considerevolmente.

I danni del terribile terremoto del 1972 e la conseguente operazione di scavo e di ristrutturazione della città hanno determinato importanti scoperte archeologiche: è stata messa in luce, ad esempio, una necropoli picena; nella necropoli romana, tra gli ultimi ritrovamenti, è da annoverare la cosiddetta tomba “della parrucchiera” per gli strumenti caratteristici qui rinvenuti. Notevoli le tracce di un antico insediamento ritrovate sul colle del Cordeto.