Arcipelago di rara bellezza che sorge dal mare di fronte al Gargano, le Isole Tremiti sono San Domino, San Nicola, Capraia, Pianosa e il Cretaccio.

Le isole erano conosciute dagli antichi romani come Insulae Diomedeae in quanto la leggenda vuole che qui approdò, morì e fu sepolto l'eroe greco Diomede ed i suoi compagni vennero tramutati in diomedee, uccelli marini che nelle isole Tremiti nidificano sulle rocce di S. Domino.
Le isole comunque vennero abitate fin dal Neolitico (10.000-3.500 a.C.). In particolare S. Domino presenta tracce di villaggi del VII, del IV e del III millennio a.C. mentre a S. Nicola sono stati trovati tracce risalenti all'età del ferro e tombe relative all'età ellenistica.

Durante l'Impero Romano le isole furono certamente usate come luogo di confino come testimoniato dalla vicenda di Giulia Minore, nipote di Augusto, la quale, scoperta adultera dal nonno, venne esiliata fino alla morte per 20 anni sulle isole.
Di questo periodo sono stati rinvenuti resti di alcune domus romane con pavimenti a mosaico.

La stessa sorte toccò a Paolo Diàcono, autore dell'" Historia Langobardorum", il quale fu esiliato nelle Tremiti tra il 771 e il 786 per aver congiurato contro l'imperatore Carlo Magno.

Nel IX secolo arrivarono sulle isole alcuni monaci benedettini della potente Abbazia di Montecassino e nell'XI secolo venne avviata la costruzione della chiesa di Santa Maria a Mare e dell'adiacente Monastero Benedettino (1045).
I monaci nell'arco di duecento anni accumularono enormi ricchezze e possedimenti sulla costa pugliese ed intrecciarono rapporti con i corsari e commercianti delle coste dalmata. Troppo desiderosi di rendersi indipendenti dall'Abbazia di Montecassino furono infine sostituiti da Papa Gregorio IX con monaci cistercensi (1237).

Sotto gli Angiò venne costruita la torre a San Nicola

Nel 1334 i corsari dalmati comandati da Almissa riuscirono ad entrare nel monastero grazie ad un inganno: finsero di voler dare cerimonia e sepoltura ad un compagno morto in mare ma, durante il funerale in chiesa ad un segnale convenuto, estrassero i pugnali e sterminarono i monaci, portando via dall'isola tutte le ricchezze.
L'eco della mattanza fu talmente grande che le isole rimasero deserte fino al 1412 quando Papa Gregorio XII riuscì ad inviare una congregazione di Canonici Lateranensi.

I nuovi ospiti dell'Abbazia la trasformarono secondo lo stile rinascimentale ed in pochi anni riuscirono nuovamente a possedere ingenti ricchezze nel territorio.
Nel 1567 l'abbazia riuscì a resistere all'attacco di 150 navi turche comandate da Pialj Pascià.

Da questo momento tuttavia l'abbazia conobbe un forte periodo di declino economico al punto tale che nel 1647 fu proposto di vendere l'intero complesso ai Padri Celestini per 400.000 ducati. Solo l'intervento del re impedì la transazione.
Con l'avvento dei Borboni, Carlo III dichiarò le isole Tremiti di proprietà regia (1737). Il suo successore, Ferdinando IV, chiuse per sempre l'Abbazia tremitese (1782) e acquisì tutti i suoi possedimenti. Lo stesso sovrano dieci anni più tardi volle che le isole divenissero una colonia penale nella quale confluirono parecchi esponenti dei moti risorgimentali e briganti del secolo successivo.
Nel 1806 l'isola venne presa dai seguaci di Murat che resistettero ad un bombardamento delle navi inglesi.
La prigione rimase attiva fino al 1926 quando divenne confino politico ed ospitò anche il futuro presidente della Repubblica italiana, Sandro Pertini.

Il 14 luglio 1989 le Isole Tremiti vengono dichiarate riserva naturale marina.