Troia dovrebbe essere identificata con l'antica Aecae, situata lungo il percorso della via Appia che unisce Benevento a Foggia.

La città vanta anche una fondazione mitologica da parte dell'eroe greco Diomede e conobbe il passaggio e la conquista da parte del condottiero cartaginese Annibale dopo la vittoria riportata a Canne sui Romani. Al tempo la città era chiamata Aika.

L'antico centro comunque era praticamente in rovina a causa delle molte guerre che caratterizzarono tutto l'Alto Medioevo quando Basilio Boioannes decise di rifondare la città con il nome di Troia (1019).

Divenuta subito sede vescovile (1031) ed importante centro religioso legato alla politica papale di Roma, Troia si oppose all'arrivo dei Normanni obbligando Roberto il Guiscardo a scendere a patti con essa.
Roberto tuttavia avviò la costruzione del Castello, delle mura difensive e della splendida Cattedrale romanica di Troia (finita nel 1127).
Nel 1133 fu tra le città ostili alla politica normanna e distrutte ad opera di Ruggero II.

Con l'avvento degli Svevi al potere (1194) s'acuì il contrasto tra potere papale e potere imperiale a causa della politica laica di Federico II. L'Italia si spaccò in due e Troia sposò radicalmente la parte guelfa legata al Papa. Questo le costò l'assedio, il saccheggio e la parziale distruzione delle sue mura nel 1229.
Di questo periodo è la presenza dei Templari i quali ebbero una propria sede a Troia a partire dal 1195.

L'avvento degli Angioini (1266) che calarono in Italia richiamati dal Papa a sconfiggere gli Svevi, portò nuovamente fortuna a Troia che divenne nuovamente un potente centro religioso della Puglia.

Troia conserva uno dei gioielli romanici della Puglia e d'Italia: la Cattedrale dedicata all'Assunta, costruita tra il 1096 ed il 1127 su una precedente chiesa dedicata a S. Maria.

Di fronte alla cattedrale si può visitare il Museo Diocesano ed ammirare il Palazzo Vescovile (1777).

Altro gioiello che Troia mette nelle mani del visitatore è la chiesetta di S. Basilio, di antichissima fondazione comparve la prima volta in un documento del 1087.