A soli 2 chilometri da Manfredonia e lungo la costa adriatica si trovava Siponto, antica città dauna che fu distrutta da un terremoto nell'Alto Medioevo. Dal progetto della sua ricostruzione, decisa dal re Manfredi, nacque Manfredonia.
Il posto si chiama oggi Lido di Siponto ed è una meta turistico e balneare.

Fondata dai Dauni, uno dei tre ceppi in cui si differenziò la popolazione di origine illirica giunta sulle coste della Puglia alla fine dell'età del Bronzo, nella zona di Masseria Cupola, Siponto aveva già nel VII secolo a.C. notevoli scambi commerciali con i popoli del bacino Mediterraneo. Di questo periodo sono state rinvenuti resti di capanne costruite su pali e ricchi corredi funerari di oro e argento.

Successivamente la città entrò nell'orbita commerciale delle potenti colonie greche della Puglia e subì un processo di ellenizzazione dei costumi in breve tempo.
Nel 335 a.C. fu uno dei centri conquistati da Alessandro I il Molosso sbarcato in Italia con l'intento di unificare in un unico regno tutto il meridione.

Durante gli scontri della Seconda Guerra Punica Siponto fu conquistata da Annibale il quale dovette cedere ai Romani nel 194 a.C. che eressero mura difensive per proteggere il porto.
Durante l'impero assunse particolare importanza come porto commerciale della Puglia settentrionale prosperando per molti secoli con i commerci marittimi.
Nel II secolo d.C. la città fu collegata alla via Traiana.

L'avvento del cristianesimo fu fulmineo per le coste pugliesi, zona di sbarco di apostoli e santi nella rotta per Roma, e Siponto fu certamente presto convertita.

Del IV secolo è la costruzione della Basilica Paleocristiana ad una navata, testimone di un periodo di ricchezza e splendore. Divenne sede vescovile quasi subito. Del 465 è la notizia di Felice vescovo.
Fu centro ostrogota e bizantino dopo la guerra greco-gotica (535-553) ma per la sua particolare posizione geografica ed importanza commerciale divenne obiettivo del ducato longobardo di Benevento.
Passata ai Longobardi dal VII al IX secolo Siponto visse alle dipendenze di Benevento e in forte relazione col Santuario di Monte S.Angelo.

I Bizantini la riconquistarono nel IX secolo e la amministrarono fino all'arrivo dei Normanni nel 1039 divenendo contea.
Nel 1053 Papa Leone IX la mise alla dipendenze della diocesi di Benevento ma già nel 1069 acquistò nuovamente la sua autonomia divenendo una delle diocesi più potenti della Puglia.

Fenomeni di bradisismo causarono un lento ma inesorabile impaludamento della città la quale fu distrutta quasi completamente da un terremoto nel 1223.

Nel 1256 il re svevo Manfredi, figlio di Federico II e Bianca Lancia, durante una battuta di caccia a cavallo s'imbatté nelle sue rovine e volle la sua ricostruzione pochi chilometri a sud. Nacque Manfredonia e la popolazione di Siponto si trasferì di buon grado nella nuova città.
Siponto venne abbandonata e la sua rinascita come centro balneare avvenne solo a metà del XX secolo dopo una lunga operazione di bonifica delle paludi.

Da non perdere la visita alla chiesa di S.Maria Maggiore di Siponto, costruita nell'XI secolo su un precedente edificio di epoca romana. A fianco della chiesa vi sono i resti di una basilica paleocristiana del IV secolo.